Er wordt op de Eben - Haëzerschool gebruik gemaakt van moderne lesmethodes voor het geven van onderwijs. Deze methodes voldoen aan de kerndoelen, zoals opgesteld door het ministerie.
Rekenen/Wiskunde
Pluspunt
Aanvankelijk lezen
Lijn 3
Voortgezet Technisch Lezen
Leesfontein (gr.4)
Nederlandse Taal
Taal Actief – versie 4
Spelling
Taal Actief - versie 4
Begrijpend Lezen/Mediawijsheid
News2Learn (gr. 4 t/m 8)
Schrijven
Schrijffontein
Natuur en Techniek
Wondering the World
Techniektorens
* de school heeft het VTB certificaat
Geschiedenis
Venster op Nederland
Aardrijkskunde
Meander
Engels
Holmwoods
Seksuele vorming
Wonderlijk gemaakt
Sociale vaardigheid
PBS
Kinderen en hun sociale talenten
Muziek
Luisterland
Naast deze vakken wordt er tekenen, handvaardigheid, en bewegingsonderwijs gegeven.
Op donderdagmiddag na schooltijd wordt er geoefend met een kinderkoor in de Beth-El kerk naast de school. Dit is een activiteit die niet onder verantwoordelijkheid van de school valt, maar het koor bestaat wel uit leerlingen van de school.